En el proceso de la colonización la estructuración política muisca también fue de gran ventaja para los españoles, inclusive los caciques eran apoyados por las autoridades españolas, teniendo en cuenta que su presencia era la intermediaria entre los muiscas, los españoles, y los encomenderos, eran el medio para conseguir un fin. Y poco a poco se fueron desprestigiando a estos líderes frente a la comunidad, debilitándolos, teniendo en cuenta que el cacique era aquella persona en la punta de la pirámide jerárquica que además se encargaba de poner en práctica las normas ¿Y las normas no estaban cambiando?: “Ellos recibieron todo el peso de la cristianización y de la enseñanza del castellano, por lo que empezaron a ser vistos como un sector alineado de los intereses de la comunidad. Para el siglo XVII muchos de ellos carecían de credibilidad y prestigio” (GOMEZ, PG 34). El cacique se convirtió así en la herramienta española por ejemplo se utilizaba al cacique para manejar grupos de indios (bajo las ordenes de un conquistador), fueron también una de las herramientas de la cristianización y la destrucción de templos. Apoyando al cacique se fue debilitando su poder y así mismo se le fue aislando de su cultura:” (…) los caciques no tuvieron muchas opciones distintas a pertenecer a la clase genérica de indios (….) a menos que optaran como efectivamente muchos hicieron a incorporarse en las nacientes categorías de ladino y luego mestizo. En todo caso el costo era su liderazgo como autoridades tradicionales” (GOMEZ, PG 35).
La idolatría muisca presento un inminente peligro a los colonizadores hecho por el cual comenzaron a perseguirla. Con el debilitamiento de los cacicazgos los chuques o líderes religiosos se fortalecieron y surge en ellos el problema no del peligro inminente que representaba la presencia de los españoles en el territorio, sino la de cómo adaptarse al nuevo estilo de vida que éstos les imponían. Poco a poco los mitos y la religión cristiana fue complementando los mitos muiscas:” Las famosas leyendas muiscas que se identifican usualmente como tradicionales prehispánicas, son en realidad textos profundamente modificados no solamente gracias a los cronistas del siglo XVII, sino también a cambios profundos en el contenido que en boca de los indígenas pretendían transmitir (GÓMEZ,41).

Así pues se fue debilitando desde todos los puntos la cultura muisca y una cultura comparada con los incas y los aztecas se fue a culturizando y su cultura lo que le hacía llamarse muisca se fue perdiendo, hasta ahora.